تأسس مركز السودان لدراسات الهجرة والتنمية، وهو الاسم الأول  لمعهد دراسات الهجرة واللجوء والتنمية، في نهاية العام 2009م كإحدى إدارات جهاز تنظيم شؤون السودانيين العاملين بالخارج والذي انطلقت أنشطته الفكرية والبحثية بشكل فعلي خلال العام 2010م.

      نسبة لأهمية الهجرة بوصفها قضية استراتيجية، ولحاجة المركز إلى إطار أكاديمي يواصل من خلاله أنشطتهالعلمية، تقدمت اللجنة المشتركة بين جهاز المغتربين وجامعة المغتربين لدراسةالعلاقة بين الجامعة والمركز، بتوصية ضم المركز إلى جامعة المغتربين، حيث تم قبول التوصية وتنفيذها في يناير2015م، ومنذ ذلك الحين ظل المركز يواصل أعماله بوصفه مؤسسة علمية تتبع أكاديمياًً لجامعة المغتربين.

      تطور العملية الهجريةوالقضايا المرتبطة بها، والرغبة في تمكين الدولة السودانية من حوكمة  الهجرة وإداراتها على النحو الذي يساعد على تعظيم عوائدها والحد من الآثار السالبة المرتبطة بها، ونظراًً لأن المركز هوالمؤسسة العلمية الوحيدة المتخصصة في السودان في هذا المجال، ونسبة للحاجة المآسة إلى مختصين في مجال الهجرة للعمل في الوزارات والمؤسسات ذات الصلة بقضايا الهجرة،وللفراغ الذي يشهده الإقليم في هذا المجال، فقد قررت الجامعة ترفيع "مركز السودان لدراسات الهجرة والتنمية" إلى "معهد دراسات الهجرة واللجوء والتنمية" وذلك في ديسمبر 2019م.