تأسس مركز السودان لدراسات الهجرة والتنمية، وهو الاسم الأوللمعهد دراسات الهجرة واللجوء والتنمية، في نهاية العام 2009م كإحدى إدارات جهازتنظيم شؤون السودانيين العاملين بالخارج والذي انطلقت أنشطته الفكرية والبحثيةبشكل فعلي خلال العام 2010م.

      نسبة لأهمية الهجرةبوصفها قضية استراتيجية، ولحاجة المركز إلى إطار أكاديمي يواصل من خلاله أنشطتهالعلمية، تقدمت اللجنة المشتركة بين جهاز المغتربين وجامعة المغتربين لدراسةالعلاقة بين الجامعة والمركز، بتوصية ضم المركز إلى جامعة المغتربين، حيث تم قبول التوصية وتنفيذها في يناير2015م، ومنذ ذلك الحين ظل المركز يواصل أعماله بوصفه مؤسسة علمية تتبع أكاديمياًًلجامعة المغتربين.

      تطور العملية الهجريةوالقضايا المرتبطة بها، والرغبة في تمكين الدولة السودانية من حوكمة  الهجرة وإداراتها على النحو الذي يساعد علىتعظيم عوائدها والحد من الآثار السالبة المرتبطة بها، ونظراًً لأن المركز هوالمؤسسة العلمية الوحيدة المتخصصة في السودان في هذا المجال، ونسبة للحاجة المآسةإلى مختصين في مجال الهجرة للعمل في الوزارات والمؤسسات ذات الصلة بقضايا الهجرة،وللفراغ الذي يشهده الإقليم في هذا المجال، فقد قررت الجامعة ترفيع "مركزالسودان لدراسات الهجرة والتنمية" إلى "معهد دراسات الهجرة واللجوءوالتنمية" وذلك في ديسمبر 2019م.